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綜整回應:

一、依據區域計畫法施行細則(以下簡稱本細則)第11條規定，特定農業區係指優良農地或曾經投資建設重大農業改良設施，須加以特別保護而劃定者；又本細則第13條規定，農牧用地係供農牧生產及其設施使用，養殖用地係供水產養殖及其設施使用。另因農業生產特性，非都市土地使用管制規則第6條附表1規定，農牧用地容許作水產養殖設施，惟其附帶條件應依申請農業用地作農業設施容許使用審查辦法(以下簡稱本辦法)規定辦理。

二、為明確規範特定農業區農牧用地申請室內循環水養殖設施之條件，係優先輔導既存養殖池，及避免新設該類設施造成農牧生產與養殖生產之競合情形，進而影響農糧生產環境，故修正增訂特定農業區內農牧用地作室外養殖池及室內循環水養殖設施使用者，其申請條件以屬106年6月28日前既存之養殖池，且有持續在養及取得航照圖等證明文件者為限；另本辦法第21條附表4修正草案前於111年11月11日辦理預告，在未完成修正發布前，相關容許使用申請案件之審查，仍依本辦法現行規定辦理。

三、依據本辦法辦法第21條附表4規定，特定農業區農牧用地申請作室外養殖池，限於應配置循環水設施(備)且屬106年6月28日前既存之條件；又倘設置室內水產養殖設施，限以室內循環水養殖設施並經市縣主管機關核准者，依前述立法原則，特定農業區農牧用地仍宜以農牧生產為主，倘設置水產養殖設施使用，除應符合申請基準或條件外，亦應就個案區位特性及產業經營之合理性、必要性予以審查，並非符合上開申請基準或條件即得逕予同意設置。

四、綜上，地方政府自得檢視經營計畫，就下列事項進行審查及有無本辦法第6條第1項或第2項所定應(或得)不予同意之情形後予以審查：

(一)經營生產計畫是否符合常態性經營管理態樣。 

(二)設施建置及養殖物種不可對周邊生態及農業環境有不利影響及衝擊。

(三)室內循環水養殖設施之建築物設施比例、高度是否有影響鄰近農牧生產環境情形，並就設施高度、立地條件等個案情形，請申請人規劃適當隔離或退縮空間。

(四)申請人應具經營實績，且飼養具高入侵風險外來種，其設施規劃及建置應可有效防止脫逃。